Pada tahun 2014, Pascasarjana IIQ Prodi Ilmu Agama Islam konsentrasi Ulumul Qur’an dan Ulumul Hadis, Ilmu Syariah dan Ilmu Tarbiyah, mendapatkan nilai 364 dan peringkat akreditasi A dari BAN-PT (SK BAN-PT Nomor: 463/SK/BANPT/Akred/M/XII2014). Dengan peringkat akreditasi A dan banyaknya permintaan para Ulama, para tokoh dan masyarakat secara luas, Pascasarjana IIQ terus berusaha dan bekerja keras untuk membuka Program Doktor (S3). Alhamdulillah berkat maunah Allah SWT perjuangan itu berhasil dengan turunnya Surat Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam Nomor: 4744 tahun 2016 yang pembukaannya diresmikan oleh Bapak Menteri Agama RI, Lukman Hakim Saifuddin pada hari Sabtu, tanggal 27 Agustus 2016 M/24 Dzulqa’dah 1437 H pada Acara Milad IIQ ke 39 Wisuda Sarjana S1 XII dan S2 X di Pesantren Takhassus “IIQ Jakarta” di Pamulang Timur Tangerang Selatan. Bersamaan dengan turunnya SK Dirjen Pendis di atas turun juga Surat Keputusan Dirjen Pendis Kemenag RI tentang penyesuaian nomenklatur program studi Pascasarjana IIQ (SK Nomor: 4743 tahun 2016). Dengan turunnya Surat Keputusan tersebut maka Prodi pada Pascasarjana Program Magister (S2) IIQ adalah:
1. Prodi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT),
2. Prodi Hukum Ekonomi Syariah/Muamalah (HES) dan
3. Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI).